清乾隆十六年（1751年），清王朝平息了珠尔默特那木扎勒事件以后，在那曲建立了藏北高原的第一个宗—坎囊宗，并隶属西藏地方噶厦政府管辖。

民国三十年（1942年），噶厦政府设立绛恰基巧，管辖藏北牧区和拉萨以北的14个宗，那曲宗（坎囊宗）即为其中之一。

1956年10月，自治区筹备委员会在那曲设立基巧办事处，那曲宗隶属那曲基巧办事处管辖。

1959年10月，那曲县人民政府成立。隶属那曲（黑河）地区管辖。

1960年1月，国务院批准将西藏的“黑河地区”改名为“那曲地区”。

1965年11月3日，国务院批准正式将黑河县改名为“那曲县”。